İlim şehrinin kapısı, muttakilerin imamı Hz. İmam Ali (as)'ın hilafete getirildiği dönemde tıpkı Resullahın Mekke'den medineye hicret ederek yeni bir dünya inşa etmeye başlaması gibi Hz. Ali (as) da Kufe'ye hicret ederek yeni bir toplum inşaası başlatmış ve Kufe' yi İslam başkenti yapmıştır. Nasıl ki Hz. Peygamber ilk iş olarak bir camii inşaa ettiyse Hz. Ali (as)da Kufe Mescidini bu amaçla yaptırmış, burada hutbeler vermiş ve mübarek ramazan ayında muhtemel bir kadir geçesinde de burada bir suikast sonucu sabah namazında şehid edilmiştir. 

Yer yüzünde 4 büyük kutsal mescid vardır bunlar Mescid-i Nebi, Mescid'ül Haram, Mescid'ül Aksa ve Kufe Mescididir.

Ülkenin en tanılan mescidlerinden biridir.(Kufa ilinde yapılan ilk mescidtir) alanı çok geniştir,kırk bin kişinin yeri olur bu mescidte,avlusunda alçak bir yer vardır oraya merdivenlerle inilir bu yere(gemi) denilir, halk arasında bu adla tanınmıştır.Bunun da nedeni burada Nuh Pegamberin(a.s)tufanda gemisi burada yapılmış.

Şeyh Harez Eldin (Marakid) eserinde şöyle zikir etmiş: Fıratın suyu mescidin yanından geçtiği zaman mescidin yeri suyla dolar, bu bilgiyi Seyid Mehdi Bagır El Ulum da bildirmiş, bu yüzden onu bugun göründüğü gibi yaptılar,ve odalarını daha sağlam bir şekşlde yaptılar.ve mescidin en yüksek yerinde yapılan oda pegamberin (s)in makamı olmuş,yanlız bu oda eskiden aşağıdaydı (gemi) denilen yerde.

Bu mescidin faziletlerinden birisi şöyledir: İmam Caferi Sadık (as) şöyle buyurmuştur: Kufe mescidinde kılınan bir rekat namaz diğer mescitlerde kılınan bin rekat namaza bedeldir. Kufe mescidi cennetin ravzalarından biridir,burada bin yetmiş Pegamber namaz kılmıştır buyurmaktadır.
İmam Ali (a.s) da: Kufe mescidinde nafile namazı kılmak, Hz.Pegamber (sav) ile umre yapmak gibidir buyurmuştur. 

Hz.Pegamber (sav) buyurdular ki: "Ben ben miraca cıktığımda Cebrail (a.s) bana dediti: "Ya Muhammed sen şimdi nerde olduğunu biliyor musun? Sen Kufa mescidinin karşısındasın. deyince ben izin ver iki rukat namaz kılayım dedim ve gidip orada namaz kıldım buyurdu.

 Necef kentini ziyaret edenler bu kutsal mescidi de ziyaret eder ve namaz kılarlar. Burada Hz. İmam Hüseyn (as)'ın amcazadesi Müslüm bin Akiyl'in, Hani bin Urve'nin ve Muhtar Sagafi'nin de mezarları buradadır. Hz. İmam Ali (as)'ın Kufe'de kaldığı ev de buradadır. Ayrıca kufe valisi İbn-i Ziyadın sarayı da yine bu mescidin yanındadır.